فاجعه بمب گذاری که در 8 شهریور در دفتر نخست وزیری به وقوع پیوست، منجر به کشتهشدن تعداد زیادی از اعضای این حزب شد. در این انفجار محمد علی رجایی رئیس جمهور، محمدجواد باهنر نخست وزیر به همراه گروهی از اعضای هیات دولت به شهادت رسیدند.
امام در دیداری که در تاریخ 8 شهریور سال 1365 با اعضای هیئت دولت داشتند، از شهیدان رجایی و باهنر و عراقی چنین یاد کردند:
«لازم است که در این روزى که فاجعه نخست وزیرى رخ داد یک با چند کلمه اى یادى از این دو نفر شهید بزرگوار و همین طور آقاى عراقى که من سابقه طولانى با ایشان داشتم، بشود. من از خصوصیاتى که در این آقایان بود، آقاى رجایى، آقاى باهنر، آقاى عراقى، آنى که به نظرم خیلى بزرگ است، این است که آقاى رجایى یک نفر آدمى بود که دستفروشى[مى کرد] در بازار از قرارى که گفتند. من در مطالعاتى که در ایشان کردم به نظرم آمد که از حال دستفروشى اش تا حال ریاست جمهورى، در روح او تأثیرى حاصل نشد. چه بسا اشخاصى هستند که اگر کدخداى ده بشوند، تغییر مى کنند به واسطه ضعفى که در نفسشان هست، تحت تأثیر آن مقامى که پیدا مى کنند واقع مى شوند، و اشخاصى هستند که مقام تحت تأثیر آنهاست از باب قوّت نفسى که دارند. و آقاى رجایى، آقاى باهنر در عین حالى که خوب، یکیشان رئیس جمهور بود، یکیشان نخست وزیر بود، این طور نبود که ریاست در آنها تأثیر کرده باشد، آنها در ریاست تأثیر کرده بودند؛ یعنى، آنها ریاست را آورده بودند زیر چنگ خودشان، ریاست آنها را نبرده بود تحت لواى خودش. و این یک درسى است که انسان باید از اینها یاد بگیرد و الحمد للَّه در این جمهورى بسیارند همچو اشخاص که تفاوتى به حالشان نکرده است. آن وقتى که در طلبگى بودند یا در بازار بودند با وقتى که مقام پیدا کردند فرقى نکرده است که انسان ببیند که خیر حالا یک بادى به غبغب بیندازد و یک هیاهویى به جا بیاورد و اینها نشده است و این مسئله اى است که اهمیت دارد. آنکه تحت تأثیر مقام مى رود، نه این است که یک مقامى دارد. این از باب اینکه بسیار آدم ضعیفى است، مقام به او تسلط پیدا مى کند و دنبال او هم مى رود آن وقت و این دنبال رفتنِ مقام بسیار ضرر دارد، براى خود انسان و براى کسانى که در کار هستند براى کشورشان، از آن طرف اگر چنانچه عکس شد، تأثیر خوب دارد، هم براى خودشان و هم براى کشور. و لهذا، من با این که ما ابَرّئُ نَفْسى انَّ النَّفْسَ لَامَّارَةٌ بِالسُّوء به شما آقایان عرض مى کنم که توجه به این معنا داشته باشید، این مقامات بعد از چند روزى دیگر تمام مى شود. آنهایى که در اریکه قدرتهاى بزرگ بودند بعد از چند روز تمام شد. آنهایى هم که به درویشى و به قناعت زندگى کردند آنها هم تمام شد. این امور تمام مى شود، آن چیزى که هست، ما در حضور حق تعالى هستیم و ثبت است در نامه اعمال ما همه امور، همه خلجانات نفسانى و ما باید فکر آنجا باشیم.
این راجع به این آقایان که واقعاً اسباب تأسف شد که یک همچو اشخاصى را اشخاص فاسد از بین بردند. ولى بحمد اللَّه اینها در مماتشان هم تقویت کردند این جمهورى اسلامى را. آقاى عراقى را هم من سالهاى طولانى مى شناختم، در همان اوایل امر که این مسائل پیش آمد، ایشان وارد بود در امر و با من دوستى داشت، او هم بسیار مرد صالح و بزرگوارى بود، خداوند همه اینها را رحمت کند.»
(صحیفه امام، ج20، ص: 124 و 125)